Основными действующими веществами растения считаются горечи, которые, раздражая вкусовые рецепторы ротовой полости и языка, рефлекторно усиливают выделение желудочного сока, стимулируют аппетит и улучшают пищеварение. Приём вахты способствует усилению перистальтики кишечника. Препараты вахты также оказывают противовоспалительное и жаропонижающее действие.
Как всякое очень горькое растение, вахта в сочетании с другими глистогонными растениями эффективна при гельминтозах.
В последние годы вахта вызывает интерес как аккумулятор селена. Её включают в сборы при атеросклерозе, при старческих нарушениях кровообращения, общей возрастной слабости.
Наружно вместе с растениями, содержащими дубильные вещества, вахту применяют для полосканий при пародонтозе. Концентрированный отвар вахты прикладывают при плохо заживающих ранах, а также при трофических язвах.